盛込みが終了した製品はこの時点では、まだ粘りは一切ありませんが、コンテナに詰められて、【発酵室】と呼ばれる温度自動制御室で発酵を行い、納豆特有の粘りが出てきます。
この発酵の工程は納豆づくりで最も重要な工程です。 発酵中は発酵検査者により発酵の進み具合の確認を行います。